Een Merkle root is de enkele hash aan de top van een Merkle tree die een samenvatting vormt van alle gegevens die erin zijn opgenomen. In blockchain bevat elk blok een Merkle root die wordt berekend door herhaaldelijk paren van transactiehashes te hashen totdat er één definitieve hash overblijft. Hierdoor kan iedereen efficiënt verifiëren of een specifieke transactie in een blok is opgenomen zonder alle transacties te hoeven downloaden, simpelweg door een kort bewijspad van de transactie tot aan de root te controleren.