De naam dook in oktober 2008 op via een cryptografie-mailinglist, gekoppeld aan een negen pagina's tellend paper dat een peer-to-peer elektronisch betaalsysteem beschreef zonder bank of centrale autoriteit. Enkele maanden later publiceerde dezelfde auteur de originele software en delfde het genesis block van het Bitcoin-netwerk, waarmee de blockchain vanaf blok nul begon.
Ongeveer twee jaar lang postte Nakamoto op forums, wisselde e-mails uit met vroege cypherpunks en developers, en verhielp zelfs bugs in de code, terwijl er nauwelijks persoonlijke details werden prijsgegeven. Een van de weinige bekende contacten was Hal Finney, een cryptograaf die de allereerste bitcointransactie rechtstreeks vanuit Nakamoto's wallet ontving. In het voorjaar van 2011 stopten de berichten, met als laatst bekende bericht aan een developer dat Nakamoto "verdergegaan was met andere dingen". De verantwoordelijkheid voor de ontwikkeling ging vervolgens over naar Gavin Andresen en het team dat uitgroeide tot het huidige Bitcoin Core.
Blockchainanalyse van vroege miningpatronen suggereert dat Nakamoto's adressen ongeveer een miljoen bitcoin bevatten, ter waarde van tientallen miljarden dollars, waarvan er nooit iets is verplaatst. Die stilte draagt bij aan het mysterie: verschillende mensen, waaronder Craig Wright en, recenter, cryptograaf Adam Back, zijn genoemd of hebben zelf de identiteit geclaimd, maar niemand heeft het cryptografische bewijs geleverd, zoals het ondertekenen van een bericht met de genesis-sleutel, dat de community zou accepteren. Rechtbanken en onderzoekers hebben elke claim tot nu toe verworpen of blijven onovertuigd, waardoor Nakamoto's identiteit een van de blijvende onopgeloste mysteries van het internet is.